早上起床后尿咖啡色，可能与饮水量少、饮食因素、病理因素有关，具体如下：
一、饮水量少：如果晚上睡前饮水量过少，或者处于炎热天气，会使肾脏产生的尿液减少，经过整晚沉淀，尿液浓缩后就会出现颜色加深呈咖啡色现象。这属于正常生理情况，不必过于担忧，通常多喝水、增加排尿量后可恢复正常。
二、饮食因素：若睡前大量进食含红色素食物，如红心火龙果、胡萝卜、南瓜等，其中的红色素不仅会使大便变色，也会导致尿液呈现咖啡色。这同样属于正常生理现象，停止食用相关食物后一般会恢复正常，无需特殊处理。
三、病理因素：如果这种症状持续存在，提示可能存在泌尿系统疾病，比如泌尿系统感染、泌尿结石等。这些疾病会导致尿路黏膜组织充血、水肿，一旦受到刺激就容易引起出血，从而使尿液呈咖啡色。此时应及时就医检查。若为泌尿系统感染所致，可服用抗生素药物如左氧氟沙星进行治疗；若为泌尿结石，可使用促排石药物如尿石通丸等。
总之，早上起床后尿咖啡色需要根据具体情况进行分析判断，若有异常应及时就医明确原因，并采取相应的处理措施。