卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素来定。一般来说，直径小于5厘米的生理性囊肿，有一定概率会自行消失，可先定期观察，比如每3~6个月做一次超声检查。
生理性囊肿的观察处理
小囊肿定期复查： 如果是生理性卵巢囊肿，像滤泡囊肿或黄体囊肿，直径通常小于5厘米，很多情况下会在月经周期变化中自然消退。这时候一般建议每3个月做一次妇科超声检查，观察囊肿大小变化。要是在观察期间囊肿没有消失，或者反而增大了，那可能就要考虑其他治疗方式了。随访注意事项： 在观察过程中，要是出现下腹部突然剧痛等情况，要马上就医，因为有可能是囊肿扭转等紧急情况发生。
良性囊肿的手术治疗
囊肿较大或持续存在： 当卵巢囊肿直径大于5厘米，或者持续存在超过3个月，考虑为良性病变但有手术指征时，会采取手术治疗。手术方式有卵巢囊肿剥除术和患侧卵巢切除术等。比如对于年轻有生育需求的女性，一般会尽量做囊肿剥除术，保留卵巢功能；而对于年龄较大、没有生育需求的女性，可能会考虑做患侧卵巢切除术。手术相关风险： 任何手术都有一定风险，比如出血、感染、损伤周围脏器等，但现在手术技术比较成熟，这些风险发生的概率相对较低。
恶性囊肿的综合治疗
确诊恶性需及时治疗： 如果卵巢囊肿被确诊为恶性，也就是卵巢癌，那需要进行综合治疗。通常是以手术为主，术后还需要配合化疗、靶向治疗等。手术要尽量切除原发灶和转移灶，术后根据病理情况制定化疗方案，一般需要进行多个疗程的化疗。比如上皮性卵巢癌，术后常用紫杉醇联合铂类药物进行化疗。靶向治疗则是针对特定的靶点进行治疗，能更精准地杀死癌细胞，不过费用相对较高。