HPV感染大多没有明显症状，约70%-80%的HPV感染在1年内会被自身免疫系统清除，只有持续的高危型HPV感染才可能引发病变。
皮肤低危型HPV感染症状
寻常疣：表现为黄豆大小的丘疹，表面粗糙，摸起来坚硬，多发生在手部，比如手指、手背等部位。跖疣：发生在足底，初起为细小发亮的丘疹，然后逐渐增大，表面粗糙，受压时会有疼痛感。
皮肤高危型HPV感染症状
鲍温样丘疹病：表现为多个扁平丘疹，颜色可为褐红色、紫黑色等，大小约2-10mm，可发生在男性的阴茎、阴囊，女性的大小阴唇、肛周等部位。
黏膜低危型HPV感染症状
生殖器疣（尖锐湿疣）：初期为淡红色小颗粒，逐渐增大增多，可呈乳头状、菜花状、鸡冠状等，好发于生殖器及肛门周围，有部分患者可能没有明显自觉症状，也有患者会有瘙痒、异物感等。
黏膜高危型HPV感染症状
宫颈癌前病变及宫颈癌：早期可能没有明显症状，随着病情发展，可能出现阴道不规则出血，比如接触性出血（性生活或妇科检查后出血）、绝经后阴道出血等；还可能出现阴道排液，液体可为白色或血性，有腥臭味等。