两者的区别在于成分、功效、适用人群和不良反应。具体如下：
1.成分：五子衍宗丸的主要成分有枸杞子、菟丝子、覆盆子、五味子、车前子；六味地黄丸的主要成分有熟地黄、酒萸肉、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻。
2.功效：五子衍宗丸具有补肾益精的功效；六味地黄丸具有滋阴补肾的功效。
3.适用人群：五子衍宗丸适用于肾虚精亏所致的阳痿不育、遗精早泄、腰痛、尿后余沥等人群；六味地黄丸适用于肾阴亏损所致的头晕耳鸣、腰膝酸软、骨蒸潮热、盗汗遗精等人群。
4.不良反应：五子衍宗丸和六味地黄丸的不良反应尚不明确。但在服用时需要注意，孕妇应在医生的指导下服用；对药物成分过敏者禁用；过敏体质者慎用。