急性胃肠炎发热两天，需首要考虑感染性腹泻可能，应前往医院就诊，进行血常规和大便常规化验，以大致分析是细菌感染还是病毒感染导致胃肠炎发生，进而给予患者相应治疗。若发热超过38.5度，最好给予降体温药物治疗，如双氯芬酸钠、布洛芬等，可快速降低患者体温，然后再依据患者具体临床表现给予相应临床对症处理。
一、考虑感染性腹泻：急性胃肠炎发热两天，感染性腹泻的可能性较大。这是因为感染往往会引发炎症反应，从而导致发热等症状。
二、到医院就诊并化验：去医院进行血常规和大便常规检查是非常重要的步骤。
1.血常规：通过分析白细胞等指标，可以初步判断是细菌感染还是病毒感染等情况。
2.大便常规：能帮助了解大便的性质、有无病原体等。
三、给予相应治疗：明确感染类型后，可给予针对性治疗。
1.若是细菌感染，可能需使用抗菌药物。
2.若是病毒感染，则主要进行对症支持治疗。
四、发热超38.5度的处理：此时给予双氯芬酸钠、布洛芬等降体温药物。
(1)双氯芬酸钠：能有效降低体温。
(2)布洛芬：是常用的解热镇痛药。
五、根据临床表现对症处理：比如针对呕吐给予止吐措施，针对腹泻给予止泻措施等。
总之，对于急性胃肠炎发热的情况，应重视并及时采取一系列检查和治疗措施，以促进患者康复。