小孩长不高可能由多种原因引起。比如遗传因素占很大比重，如果父母身高偏矮，小孩遗传矮身材的可能性就较高，有研究显示约70% - 80%的身高变异由遗传决定。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中普遍存在身高较矮的情况，那么小孩很可能受到遗传影响而长不高。比如父母双方都是矮个子，小孩成年后的身高往往也会相对较矮。基因决定身高潜力： 基因会决定小孩身高增长的潜力范围，有些小孩的基因注定其身高很难突破一定数值。
营养因素方面
营养摄入不足： 小孩处于生长发育阶段，需要充足的营养物质，如蛋白质、钙、维生素D等。如果小孩挑食、偏食，导致蛋白质摄入不够，会影响身体的生长发育；钙是骨骼生长的重要元素，缺乏钙会影响骨骼的发育，进而影响身高，一般建议儿童每天钙的摄入量在800 - 1000毫克；维生素D能促进钙的吸收，如果缺乏维生素D，即使摄入了足够的钙，也不能被很好地吸收利用。营养不均衡： 比如只吃精细食物，而忽略了蔬菜、水果等富含维生素和膳食纤维的食物摄入，也会影响小孩的生长发育，导致长不高。
疾病因素方面
内分泌疾病： 像生长激素缺乏症，是由于垂体分泌生长激素不足引起的，会导致小孩身材矮小，生长速度缓慢，每年身高增长低于5厘米。甲状腺功能减退症也会影响小孩的生长发育，甲状腺激素分泌不足会使小孩代谢缓慢，生长迟缓。慢性疾病： 如先天性心脏病、慢性肾病等，会影响小孩的营养吸收和身体的正常代谢，从而阻碍身高的增长。例如患有慢性肾病的小孩，由于肾脏功能受损，会影响体内多种物质的代谢和营养的吸收，进而影响身高发育。
睡眠因素方面
睡眠不足： 小孩在睡眠时会分泌大量的生长激素，促进身体的生长发育。如果小孩长期睡眠不足，比如每天睡眠时间少于8 - 10小时，就会影响生长激素的分泌，从而影响身高增长。一般1 - 3岁的小孩每天需要睡眠12 - 14小时，4 - 6岁的小孩需要11 - 12小时，7 - 12岁的小孩需要10小时左右。睡眠质量不佳： 睡眠环境不好，经常受到噪音、光线等干扰，或者小孩有睡眠呼吸暂停等问题，都会影响睡眠质量，进而影响生长激素的分泌和身高的增长。