新生儿先天性心脏病的筛查方式主要有以下几种：
一、C反应蛋白测定：如果新生儿患有先天性结构性心脏病，其存在心内膜炎的风险通常较高，进行C反应蛋白测定往往会显示C反应蛋白升高。
二、超声心动图检查：这主要是依据超声回波原理来反映人体心血管结构。它能够更为详细地了解心血管内血流速度、分流方向以及结构畸形等情况，是早期发现和诊断先天性心脏病的一种极为有效的手段。通过超声心动图检查，可以清晰地观察到心脏的各个腔室大小、室壁厚度、瓣膜形态和功能等重要信息，对于诊断房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭等常见的先天性心脏病具有重要意义。
三、心导管检查及选择性造影检查：可用于评估左向右分流量、肺动脉压力以及阻力和心排血量，对于明确复杂的先天性心脏病的诊断具有关键作用。在检查过程中，通过将导管插入心脏和血管，可以直接测量心脏内部的压力、血氧饱和度等指标，并通过造影剂的注入来显示心脏和血管的形态和结构，从而准确地诊断出一些较为复杂的先天性心脏病，如法洛四联症、大动脉转位等。
除了以上这些方式，还可以运用磁共振成像、心电图等方式来进行筛查。一旦通过这些方式筛查确诊后，就需要及时在医生的指导下进行针对性的治疗。
总之，对于新生儿先天性心脏病，要重视筛查工作，通过多种方法及时发现并准确诊断，以便采取有效的治疗措施。