三个月宝宝大便有血丝可能由以下原因导致：妈妈乳头破溃出血、大便干燥、乳糖不耐受、肠炎。具体为：
一、妈妈乳头破溃出血：若妈妈乳头有破溃出血的情况，宝宝在哺乳时吞咽了乳头破溃处的血液，就可能出现其大便带有血丝的现象。
二、大便干燥：三个月宝宝在排便时，如果大便过度干燥，会致使肛周或肠道黏膜受到损伤，进而在排便时容易有大便带血丝的情况出现。
三、乳糖不耐受：三个月宝宝本身若存在乳糖不耐受，在进食奶制品后，可能会引发持续腹泻，这样就可能导致肠黏膜受损，从而在排便时出现大便有血丝的状况。
四、肠炎：当三个月宝宝由于细菌感染或过敏等因素而出现肠炎时，会造成持续性腹泻，进而引发肠黏膜受损，也就会出现大便带血丝的情况。
总结概况提示：三个月宝宝大便有血丝的原因多样，需仔细分辨，必要时应及时就医进行诊断和治疗。