肾穿刺一般不会有严重后遗症，但可能存在一些短期或潜在情况。
出血风险
肾穿刺后可能出现血尿，多数为镜下血尿，短期内可自行缓解；少数情况可能出现肉眼血尿，甚至形成肾周血肿，若血肿较大可能需要进一步处理。一般体质较好、穿刺操作顺利的患者出血风险较低。
感染风险
虽然发生概率较低，但仍有感染可能，表现为发热、局部疼痛等。术后需密切观察患者体温及局部情况，免疫力较低者感染风险相对高些。
损伤周围组织
极个别情况下可能损伤周围组织，如肠道等，但发生几率非常低。操作经验丰富的医生可大大降低此类风险。
心理影响
部分患者可能因对肾穿刺的恐惧产生心理负担，术后可能出现焦虑等情绪，尤其是儿童及心理承受能力较弱的人群更易受影响，需要家人给予心理疏导。
