新生儿肚子咕咕叫拉肚子可能由多种原因引起。其中常见的是胃肠功能尚未发育完善，如新生儿的消化系统还比较稚嫩，消化酶分泌不足等情况易导致肠道蠕动异常，出现肚子响伴腹泻。
乳糖不耐受
新生儿肠道内缺乏足够的乳糖酶来消化母乳或配方奶中的乳糖，未被消化的乳糖在肠道内被细菌分解发酵，产生气体，就会引起肚子咕咕叫，同时出现腹泻症状。母乳喂养的新生儿可能表现为大便次数多，大便稀；配方奶喂养的新生儿也会有类似腹泻表现。
腹部着凉
新生儿腹部保暖不当，受到寒冷刺激后，肠道蠕动加快，也会出现肚子咕咕叫拉肚子的情况。比如夜间宝宝踢开了被子，腹部暴露在冷空气中，就容易引发这种状况。
肠道感染
如果新生儿接触了被细菌、病毒等污染的物品或食物，可能会引起肠道感染。例如被轮状病毒感染时，除了肚子咕咕叫拉肚子外，还可能伴有发热、呕吐等症状。这种情况在新生儿免疫力较低时更易发生，尤其是新生儿居住环境不卫生等因素可能增加感染风险。