甲状腺囊肿的引发原因较为多样，可能与碘摄入异常、先天性因素以及炎症等有关。比如碘摄入不合适就可能影响甲状腺正常功能从而诱发囊肿。
碘摄入因素：
碘缺乏情况： 当人体长期处于碘缺乏的状态时，甲状腺会出现代偿性增生，这就有可能引发甲状腺囊肿。比如在一些远离海洋且碘盐普及不高的地区，人群患甲状腺囊肿的几率相对会高一些。碘摄入过量状况： 相反，如果碘摄入过多，也会干扰甲状腺的正常代谢，进而增加甲状腺囊肿的发生风险。
先天性因素：
甲状舌管退化不全： 在胚胎发育时期，甲状舌管如果退化不全，就可能形成先天性的甲状腺囊肿。这种情况从胚胎发育阶段就已经埋下了隐患。遗传因素影响： 有研究发现，甲状腺囊肿具有一定的遗传易感性，如果家族中有甲状腺囊肿的病史，那么后代患甲状腺囊肿的几率可能会比正常人群要高一些。
炎症相关因素：
甲状腺炎引发： 亚急性甲状腺炎等甲状腺炎症发生时，炎症会刺激甲状腺组织，导致甲状腺滤泡出现囊性变，从而引发甲状腺囊肿。例如在患有亚急性甲状腺炎的患者中，就有一定比例会出现甲状腺囊肿的情况。自身免疫性炎症： 自身免疫性甲状腺炎等自身免疫性炎症疾病，会使甲状腺组织受到自身抗体的攻击，引起甲状腺结构和功能的改变，也可能导致甲状腺囊肿的形成。