舌头底下疼可能是多种疾病的症状，需要根据具体情况选择相应的科室。以下是一些可能的科室：
1.口腔科：舌头底下疼最常见的原因是口腔疾病，如口腔溃疡、舌下腺囊肿、舌炎等。口腔科医生可以通过口腔检查、影像学检查等手段，明确病因，并给予相应的治疗。
2.耳鼻喉科：如果舌头底下疼伴有喉咙疼痛、吞咽困难等症状，可能是耳鼻喉科疾病引起的，如扁桃体炎、咽炎等。耳鼻喉科医生会进行相关检查，如喉镜等，以确定病因并给予治疗。
3.内科：一些全身性疾病也可能导致舌头底下疼，如感染、过敏、内分泌失调等。内科医生会进行全面的身体检查，包括血液检查、影像学检查等，以排除内科疾病。
4.神经科：舌头底下疼还可能与神经系统疾病有关，如三叉神经痛等。神经科医生会进行神经系统检查，以确定是否存在神经病变。
5.肿瘤科：舌头底下疼也可能是恶性肿瘤的症状之一。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如肿块、出血等，应及时就医，进行肿瘤科检查，以排除肿瘤的可能。
需要注意的是，以上科室只是一些常见的科室，具体的科室选择还需要根据患者的具体情况和医生的建议来确定。在就诊时，患者应详细描述症状的特点、持续时间、加重或缓解因素等，以便医生做出准确的诊断和治疗。此外，患者还可以咨询医生是否需要进行其他相关检查，如血常规、血沉、C反应蛋白等，以协助诊断。