胎儿在子宫内通常处于相对无菌状态，出生后因与外界环境接触，数小时肠腔内就会出现细菌定植。先是在粪便中有肠杆菌和肠球菌，24小时后逐渐有双歧杆菌、类杆菌等细菌，之后各种菌群种类和数量逐渐增多，最终形成人体肠道菌群。
一、菌群发展阶段
出生3至14个月为菌群发展期。
二、菌群过渡阶段
出生15至30个月为菌群过渡期。
三、菌群稳定阶段
出生31个月后进入菌群稳定期，构成极其复杂的微生态系统。
如果婴儿时期未能建立完善的肠道菌群，肠道功能就会相对脆弱，易导致消化不良，出现腹胀、腹泻、腹痛等症状，此时需在医生指导下补充益生菌，如双歧杆菌、酪酸梭菌等，以帮助肠道内有益菌繁殖生长，抵御致病菌，改善消化不良症状。
总之，胎儿出生后的菌群发展有其特定阶段和规律，而完善的肠道菌群对婴儿肠道功能正常至关重要，若有问题需及时采取措施改善。