传染性软疣要除根可以通过多种方法，一般可以采用局部治疗等方式。通常可以通过物理治疗、药物治疗等方法来实现除根。比如局部消毒后用镊子将软疣小体挤出，这是比较直接的去除方式。
物理治疗方法
镊子挤压法： 对于单个或数量较少的传染性软疣，医生会先用碘伏对病变部位进行消毒，然后用消毒后的镊子将软疣小体完全挤出，之后再涂抹碘伏进行消毒。一般操作比较简单，但要注意操作时的无菌，避免感染。冷冻治疗： 利用低温的液氮来冷冻疣体，使疣体坏死脱落。冷冻治疗后局部可能会出现水疱、结痂等情况，一般1 - 2周左右结痂会脱落，疣体也会随之去除。冷冻治疗适用于多个小的传染性软疣。
药物治疗情况
外用药物： 可以使用维A酸软膏，它能够调节表皮细胞的分化和增殖，对传染性软疣有一定的治疗作用。但使用时要注意避免接触正常皮肤，以免引起刺激。还有斑蝥素，不过斑蝥素对皮肤有一定刺激性，使用时需谨慎。
日常注意事项
个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤洗澡、勤换衣物。避免搔抓疣体，防止自身接种传染，因为搔抓后可能会在身体其他部位长出新的疣体。避免公共物品接触： 传染性软疣具有传染性，要避免使用公共的毛巾、浴巾、搓澡巾等物品，也不要去公共泳池、浴场等场所，防止传染给他人。
特殊人群注意事项
儿童患者： 儿童患传染性软疣时，家长要更加注意护理。在进行物理治疗时要安抚好孩子，避免孩子不配合。同时要注意儿童的衣物要单独清洗，避免与家人衣物混洗造成传染。孕妇患者： 孕妇患传染性软疣时，用药要非常谨慎。一般不建议随意使用药物治疗，物理治疗也要在医生充分评估后进行，要考虑对胎儿的影响，选择相对安全的治疗方式。