治疗乙肝常用的药物有核苷（酸）类似物和干扰素类。目前临床上，恩替卡韦和替诺福韦酯是较为常用且效果较好的核苷（酸）类似物，一般规范用药后能有效抑制乙肝病毒复制，长期使用可改善肝脏炎症，降低肝硬化、肝癌等并发症的发生风险。比如恩替卡韦，多项临床研究显示，使用恩替卡韦治疗1年，乙肝病毒DNA载量低于检测下限的患者比例可达70%~90%左右。
核苷（酸）类似物类药物
恩替卡韦：属于鸟嘌呤核苷类似物，能抑制乙肝病毒多聚酶，阻断病毒复制过程。它的抗病毒作用较强，耐药发生率相对较低，但需要长期服用，不能随意停药，否则可能导致病情反弹。替诺福韦酯：可以抑制乙肝病毒反转录酶，从而抑制病毒复制。它对野生株和拉米夫定耐药株都有明显的抗病毒活性，而且安全性较好，对于肾功能不全的患者也有相应的用药调整方案，但同样需要长期用药。
干扰素类药物
普通干扰素：分为α-1b、α-2b等亚型。普通干扰素需要每周皮下注射几次，用药后可能会出现流感样症状，如发热、头痛、肌肉酸痛等，还可能引起血液系统的变化，如白细胞、血小板减少等，但部分患者在停药后可能会出现乙肝表面抗原转阴的情况，不过发生率相对较低，一般在5%~10%左右。聚乙二醇干扰素：是普通干扰素的长效制剂，每周注射一次即可。它的抗病毒效果相对普通干扰素可能更好一些，而且疗程相对固定，一般为1年左右，但价格相对较高，不良反应与普通干扰素类似，但总体耐受性可能稍好一些。
用药需注意的人群
孕妇和哺乳期女性：这两类人群使用抗乙肝病毒药物需要特别谨慎。目前大多数抗乙肝病毒药物在孕妇和哺乳期女性中的安全性数据有限，一般不建议孕妇和哺乳期女性使用核苷（酸）类似物和干扰素类药物，必须使用时需要在医生充分评估风险与收益后决定。肾功能不全患者：替诺福韦酯主要通过肾脏排泄，肾功能不全的患者使用时需要调整剂量，并且要密切监测肾功能和血磷水平，因为它可能会引起血磷降低等不良反应；恩替卡韦在肾功能不全患者中也需要根据肌酐清除率来调整用药剂量。儿童患者：儿童乙肝患者使用抗乙肝病毒药物需要严格掌握适应证。一般来说，对于12岁以上且体重≥35kg的儿童，在符合一定条件下可以考虑使用恩替卡韦等核苷（酸）类似物，但用药过程中需要密切监测生长发育情况等。