扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的良性赘生物，目前并没有绝对能“根治”且立马见效的方法，但可以通过多种方式改善。一般来说，治疗方法包括外用药物、物理治疗等。比如外用药物常用的有维A酸类药物，像0.1%维A酸软膏等，不过通常需要连续使用数周甚至数月才可能有效果。
外用药物选择
维A酸类药膏： 像0.05%~0.1%维A酸乳膏，它可以调节表皮细胞的增殖和分化，促进疣体脱落，但起效相对较慢，一般需要持续使用4~8周左右，而且使用后可能会有局部刺激症状，如红斑、脱屑等。酞丁胺搽剂： 能抑制病毒DNA（脱氧核糖核酸）和蛋白质的合成，从而起到抗病毒的作用，可用于治疗扁平疣，每天需要涂抹2~3次。
物理治疗方式
冷冻治疗： 是利用低温使疣体坏死脱落。通常每2~3周做一次冷冻，可能需要多次治疗才能完全去除疣体，治疗后局部会出现水疱、结痂，然后脱落。不过冷冻治疗可能会有疼痛，而且对于一些较大的疣体可能效果不是特别理想。激光治疗： 利用激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。激光治疗的优点是速度比较快，但术后需要注意局部护理，避免感染，可能会留下轻微的色素沉着等情况，一般也是需要根据疣体情况决定治疗次数。
自身免疫与生活注意
提高自身免疫力： 自身免疫力在清除HPV病毒方面有一定作用，所以要注意保持良好的生活习惯，比如保证充足的睡眠，成年人一般建议每天7~8小时的睡眠时间；还要均衡饮食，多摄入富含维生素、蛋白质的食物，像新鲜的蔬菜、水果、瘦肉、鸡蛋等。避免搔抓： 扁平疣具有传染性，搔抓可能会导致疣体接种到其他部位，引起新的皮损出现，所以要尽量避免搔抓患处。同时，不和他人共用毛巾、脸盆等个人物品，防止传染给他人。
特殊人群注意
儿童患者： 儿童长扁平疣时，物理治疗要谨慎，因为儿童皮肤比较娇嫩，冷冻或激光治疗可能对皮肤损伤相对更明显。一般可以先尝试外用一些相对温和的药物，如低浓度的维A酸乳膏等，但使用前最好咨询医生，根据儿童的具体情况来选择合适的治疗方式。孕妇患者： 孕妇长扁平疣时，用药需要特别谨慎，因为很多药物可能会对胎儿产生影响。一般不建议使用口服的抗病毒药物等，多考虑采用物理治疗等相对安全一些的方法，但也需要在医生的严格评估下进行。