肾错构瘤的发病原因目前尚不十分明确，可能与以下因素有关。首先是遗传性因素，约20% - 25%的肾错构瘤患者具有家族遗传倾向，常见于结节性硬化症患者，这类患者常伴有皮肤、神经系统等多器官的病变，遗传方式为常染色体显性遗传。
遗传因素相关
结节性硬化症关联： 患有结节性硬化症的人群，发生肾错构瘤的概率明显高于正常人群。结节性硬化症是一种常染色体显性遗传病，基因缺陷会增加肾错构瘤的发病风险。患者除了肾脏出现错构瘤外，还可能在皮肤出现皮脂腺瘤等表现，神经系统也可能有相关症状。
基因异常因素
抑癌基因作用： 人体存在一些抑癌基因，当这些抑癌基因发生突变或功能丧失时，可能导致肾错构瘤的发生。例如，TSC1和TSC2基因是与结节性硬化症相关的重要抑癌基因，它们的突变会影响细胞的正常生长调控，使得肾脏中的血管、平滑肌和脂肪组织异常增生，形成肾错构瘤。
内分泌因素影响
激素水平影响： 体内激素水平的变化可能对肾错构瘤的发生有一定作用。比如，女性在青春期、妊娠期或更年期等激素波动较大的时期，肾错构瘤的发病情况可能会有所变化。但具体的激素与肾错构瘤发生的确切关联机制还在进一步研究中。不过可以确定的是，激素水平的改变可能通过影响肾脏组织的细胞代谢等过程，参与肾错构瘤的形成。