引起闭经的原因较多，其中内分泌失调是常见因素之一，比如多囊卵巢综合征，约占育龄女性闭经原因的15%~20%。
内分泌失调相关
垂体功能异常：垂体肿瘤可能影响促性腺激素的分泌，进而导致闭经。例如泌乳素瘤，会使血清泌乳素水平升高，抑制排卵和月经来潮。甲状腺功能问题：甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，约10%的甲状腺功能减退患者会出现闭经。而甲状腺功能亢进严重时，也可能干扰内分泌平衡引发闭经。
生殖系统问题
子宫性闭经：先天性无子宫或子宫发育不良会导致闭经。另外，子宫内膜损伤或粘连也会引起闭经，比如多次人工流产刮宫，损伤了子宫内膜基底层，就可能造成宫腔粘连从而闭经。卵巢性闭经：卵巢早衰是常见原因，女性在40岁前卵巢功能过早衰退，雌激素分泌减少，引发闭经，据统计，卵巢早衰在闭经女性中占比约5%~10%。卵巢肿瘤也会影响卵巢功能导致闭经，肿瘤会破坏卵巢组织，影响激素分泌和排卵。
精神心理因素
长期压力过大：长期处于高压力状态下，会影响下丘脑分泌促性腺激素释放激素，从而干扰月经周期导致闭经。比如一些长期面临工作高强度压力的女性，闭经发生率会相对增高。突然精神刺激：突然的精神打击，如严重的悲伤、恐惧等情绪，可能通过大脑皮层影响下丘脑功能，引起闭经。例如亲人突然离世等重大事件后，部分女性会出现短暂闭经。
其他因素
药物影响：某些药物也可能导致闭经，如长期服用避孕药，可能会抑制下丘脑-垂体轴，引起暂时性闭经；抗精神病药物等也可能干扰内分泌导致闭经。营养不良：过度节食减肥等导致体重过低，身体缺乏足够的营养物质，尤其是蛋白质、脂肪、维生素等摄入不足，会影响激素的合成和分泌，从而引发闭经。一般体重过低至低于正常体重的10%~15%时，就可能出现闭经情况。