10%至50%的女性以及15%至50%的男性尽管存在阴道毛滴虫感染，然而可能并无临床症状或者症状不显著，而部分感染者则会有明显的阴道炎、尿道炎的症状与体征。
人毛滴虫感染者或许会出现腹泻症状，其中腹泻儿童的感染率最高。口腔毛滴虫感染者可能引发牙周炎、牙龈炎、龋齿等口腔疾病。
一、阴道毛滴虫感染
1.女性感染后的症状：可能导致阴部出现强烈瘙痒或烧灼感，伴有白带增多，这是最为常见的症状。此外，可能有阴道分泌物增多，呈现灰黄色、泡状且有臭味，也可能出现呈乳白色的液状分泌物。当合并细菌感染时，白带会呈脓液状或粉红状。当毛滴虫侵犯尿道时，会有尿频、尿急和尿痛等表现，还可能出现下腹部不适。
2.男性感染后的症状：可能引起尿频、尿急、尿痛、夜尿、尿道刺激、产生尿道分泌物、排尿困难等情况，前列腺炎及触痛和附睾炎相对少见，还有可能导致男性不育。
二、人毛滴虫感染
人毛滴虫感染的主要症状包括腹泻、腹痛、腹胀、恶心、呕吐、厌食、乏力、腹泻便秘交替、消瘦等，严重时可引发脱水。粪便呈糊状、稀水状、泡沫状或带有黏液。人毛滴虫在腹泻患者中的检出率比健康人高出数倍甚至十几倍，也有人认为腹泻与本虫感染相伴，但并非一定是本虫所导致。
三、口腔毛滴虫感染
口腔毛滴虫感染与牙周炎、牙龈炎、龋齿等口腔疾病的发病相关，常常与齿槽化脓同时存在。还能引起少见的肺、气管、扁桃体、舌苔、乳腺、上颌窦、心包、胸膜等其他脏器的口腔毛滴虫感染。
总结：阴道毛滴虫、人毛滴虫、口腔毛滴虫感染会引发不同的症状，分别涉及生殖系统、消化系统、口腔及其他一些脏器，需引起重视并及时诊治。