消化不良时常用的药物主要有促胃肠动力药、助消化药等。一般来说，促胃肠动力药能加快胃肠蠕动，比如多潘立酮可以在一定程度上缓解消化不良症状。
促胃肠动力药：
多潘立酮： 它能促进胃肠蠕动，帮助胃排空，一般适用于因胃肠动力不足引起的消化不良，比如吃了一顿较饱的饭后出现腹胀、早饱等消化不良表现时可考虑使用，但要注意1岁以下婴儿由于其血脑屏障发育不完善，使用时需谨慎。莫沙必利： 也是促胃肠动力药，作用机制是通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5 - HT4受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动，改善消化不良症状，它相对多潘立酮作用范围可能更广一些，不过也有一些禁忌情况，比如胃肠道出血、肠梗阻或穿孔的患者禁用。
助消化药：
胃蛋白酶合剂： 含有胃蛋白酶等成分，能在酸性条件下激活，促进蛋白质的消化，帮助消化蛋白质类食物，适用于消化液分泌不足引起的消化不良，比如一些老年人消化功能减退，分泌的胃蛋白酶等减少导致消化不良时可考虑使用，但对胃蛋白酶过敏者禁用。乳酶生： 是活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，适用于消化不良、腹胀及小儿饮食失调所引起的腹泻、绿便等，不过要注意不宜与抗菌药物、吸附剂同时服用，如必须服用，两者服用时间应间隔1 - 3小时。
抑酸剂：
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，通过抑制胃壁细胞的H+-K+-ATP酶来减少胃酸分泌，对于因胃酸分泌过多导致的消化不良，比如伴有反酸、烧心等症状的消化不良患者有一定作用，但长期使用可能会有一些不良反应，比如可能影响维生素B12的吸收等，而且孕妇、哺乳期妇女慎用。雷尼替丁： 是H2受体拮抗剂，能竞争性阻断组胺H2受体，抑制胃酸分泌，可用于缓解胃酸过多引起的胃痛、胃灼热感（烧心）、反酸等消化不良相关症状，不过也有一些禁忌情况，比如对本品过敏者、孕妇及哺乳期妇女禁用，8岁以下儿童禁用等。