小孩做肠镜检查一般不会对身体造成伤害，但可能出现一些状况。一是可能损伤肠黏膜，这通常是因为肠道蠕动不规律，导致镜身通过时损伤肠黏膜表面，可能引发充血、水肿或少量出血，不过这种损伤较轻微，多数小孩2-3天后黏膜充血、水肿会逐渐消退，出血会停止，但个别病例可能出现严重损害如肠穿孔等。二是可能出现麻醉意外，若做无痛肠镜需全身麻醉，可能有小孩对麻药过敏，出现湿疹、荨麻疹或血管神经性水肿等，还有些小孩用麻药后会有一过性嗜睡或四肢无力等表现，严重的甚至会出现窒息、呼吸衰竭等情况。
小孩做肠镜检查要做好准备工作和禁忌排查。一、准备工作：要求至少空腹8小时，同时口服泻药进行充分肠道准备。二、禁忌排查：要先排查是否存在肠穿孔、弥漫性腹膜炎、血小板减少、凝血功能障碍或肛门狭窄导致肠镜无法正常通过等禁忌情况，若存在则可能无法完成正常的肠镜检查。
总之，小孩做肠镜检查虽一般无大碍，但要注意可能出现的肠黏膜损伤和麻醉意外等问题，同时要做好相关准备和排查。