肛瘘手术后遗症主要包括肛瘘复发、切口感染以及肛门括约肌功能失常等。具体情况如下：
一、肛瘘复发：
1.对于复杂结构的肛瘘，如果仅进行肛瘘切开术而未实施挂线疗法，或者引起肛瘘的原发病灶没有清理干净等多种因素存在时，都可能导致肛瘘复发，进而出现瘘管再次形成的情况。
2.会有外口流出脓性、血性、粘液性分泌物，肛门内组织发生糜烂破溃，局部会出现瘙痒、疼痛等症状。
二、切口感染：
1.由于肛瘘的形成大多与感染性疾病相关，倘若在进行肛瘘手术后，没有妥善处理好原发感染性病灶，或者术后护理不当，比如没有及时进行清洁换药以及冲洗等操作。
2.那么就会导致切口感染，使伤口愈合延迟。
三、肛门括约肌功能失常：
1.在进行肛瘘手术时，如果不小心破坏了肛门括约肌的结构，或者术后形成的瘢痕组织刺激到肛门括约肌，以及肛瘘反复发作累及肛门括约肌，致使其功能出现异常或缺失等原因。
2.这些情况均会导致肛门括约肌功能失常，从而出现肛门失禁的症状。
总之，肛瘘手术后可能会出现上述这些后遗症，需要在术前做好评估，术中精细操作，术后精心护理，以尽量减少后遗症的发生。