厌氧菌感染的症状表现因感染部位不同而有所差异。一般来说，人体多个部位都可能发生厌氧菌感染，比如口腔、腹腔、女性生殖道等。
口腔厌氧菌感染症状
牙龈部位： 可能出现牙龈红肿、疼痛，刷牙或咬硬物时容易出血，严重的还可能有牙龈化脓的情况。例如，一些智齿冠周炎患者，就常常是厌氧菌感染引起，会感觉智齿周围牙龈肿胀明显，张口都受限制。口腔黏膜： 会有黏膜充血、糜烂，可能形成溃疡，而且溃疡面往往比较污秽，有异味，患者会感觉口腔内有明显的不适感，影响进食。
腹腔厌氧菌感染症状
腹部疼痛： 多为持续性的隐痛或胀痛，疼痛部位因感染部位不同而有差异，比如阑尾部位感染时右下腹疼痛明显，若是肝脓肿导致的腹腔厌氧菌感染，右上腹会有疼痛，且疼痛较为剧烈，可能伴有发热。胃肠道症状： 患者可能出现恶心、呕吐，食欲减退，严重的会有腹胀，甚至出现肠梗阻的表现，如停止排气排便等。
女性生殖道厌氧菌感染症状
阴道分泌物异常： 分泌物增多，颜色可能发黄、发绿，有特殊的恶臭味，像细菌性阴道病常见的就是厌氧菌感染，分泌物有明显的鱼腥味。外阴不适： 外阴会有瘙痒、灼热感，在性生活或排尿时可能会有疼痛不适，检查可见阴道黏膜充血等表现。
呼吸道厌氧菌感染症状
肺部感染： 患者会有咳嗽、咳痰，痰液一般比较黏稠，有恶臭味，可能伴有发热，体温可高达38℃~39℃甚至更高，还可能出现胸痛，呼吸时疼痛加剧。支气管感染： 会有咳嗽，初期可能是干咳，之后可咳出脓性痰液，也可能伴有喘息等症状。