角膜炎没有绝对最好的眼药水，需根据病因选择。细菌性角膜炎常需用抗生素眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌DNA旋转酶，从而阻碍细菌DNA复制，一般1天内可能有症状改善，但要遵医嘱规律用药。病毒性角膜炎常用更昔洛韦滴眼液，可竞争性抑制病毒DNA多聚酶，干扰病毒DNA合成，通常需要持续用药数天到数周。
细菌性角膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 主要针对革兰阴性菌和部分革兰阳性菌引起的感染，能有效抑制细菌生长。使用时要注意，对喹诺酮类药物过敏者禁用。妥布霉素滴眼液： 对革兰阴性菌和阳性菌都有作用，尤其对绿脓杆菌有较强抗菌活性。儿童使用时需谨慎，要在医生指导下权衡利弊。
病毒性角膜炎适用眼药水
更昔洛韦滴眼液： 特异性抑制疱疹病毒的DNA合成，对单纯疱疹病毒性角膜炎等有较好疗效。孕妇及哺乳期妇女使用需咨询医生，因为可能对胎儿或婴儿有影响。阿昔洛韦滴眼液： 也是针对疱疹病毒的药物，通过干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒复制。用药过程中要观察眼部反应，如出现严重刺激症状应停药。
真菌性角膜炎适用眼药水
那他霉素滴眼液： 是唯一被批准用于治疗真菌性角膜炎的眼药水，对多种真菌有抑制作用。使用时要注意，长期使用可能导致眼部菌群失调，需定期监测眼部情况。氟康唑滴眼液： 属于三唑类抗真菌药，通过抑制真菌细胞色素P450依赖酶，影响真菌细胞膜合成。严重肝肾功能不全者要慎用。