引起卵巢早衰的原因较多，其中遗传因素是一个重要方面，约10% - 28%的卵巢早衰患者有家族遗传史，存在相关基因突变等情况。
遗传因素：
染色体异常： 某些染色体结构或数目异常可导致卵巢早衰，比如X染色体异常，像特纳综合征患者，其染色体核型为45，XO或其他变异型，这类患者卵巢发育不良，容易出现卵巢早衰。特定基因变异： 与卵泡生成、激素合成等相关的基因发生变异，也可能影响卵巢功能，增加卵巢早衰的发生风险。例如，卵泡刺激素受体基因变异等，会干扰卵泡的正常发育和功能维持。
自身免疫因素：
免疫系统攻击卵巢： 自身免疫性疾病可导致免疫系统错误地攻击卵巢组织，常见的自身免疫性疾病如甲状腺炎、类风湿关节炎等，当免疫系统异常时，会产生针对卵巢抗原的抗体，破坏卵巢的正常结构和功能，从而引发卵巢早衰。据统计，约10% - 30%的卵巢早衰患者合并有自身免疫性疾病。其他自身免疫相关情况： 体内存在其他自身抗体，如抗肾上腺抗体、抗胃壁细胞抗体等，也可能间接影响卵巢功能，导致卵巢早衰的发生。
医源性因素：
手术影响： 卵巢部位的手术，如卵巢囊肿剥除术、附件切除术等，如果手术范围过大或操作不当，可能会损伤卵巢组织，影响卵巢的血液供应和正常功能，增加卵巢早衰的发生几率。尤其是双侧卵巢手术，对卵巢功能的影响更大。放疗和化疗： 女性在接受盆腔部位的放疗，如宫颈癌、子宫内膜癌等的放疗，或者是使用化疗药物治疗某些恶性肿瘤时，放疗和化疗的药物可能会破坏卵巢内的卵泡，导致卵泡大量丢失，进而引起卵巢早衰。一般来说，年龄较小的女性在接受放疗或化疗后，发生卵巢早衰的风险相对更高。