怀孕六周处于早孕期，此时胚胎未成熟，若有褐色分泌物流出，可能是由宫外孕、先兆流产、胚胎停育、宫颈疾病等导致。具体如下：
一、宫外孕：怀孕后未做彩色多普勒超声检查，流出褐色分泌物且伴有腹痛，则不能排除宫外孕。需到正规医院进行血HCG及彩色多普勒超声检查来排除。
1.血HCG检查：通过检测血液中绒毛膜促性腺激素水平，辅助判断是否怀孕及怀孕情况。
2.彩色多普勒超声检查：可查看孕囊位置等，帮助确定是否为宫外孕。
二、先兆流产：发生时会有褐色分泌物及腹痛症状。要到正规医院做彩色多普勒超声检查，明确孕囊的形态、张力、结构、位置是否正常，还要抽血化验激素水平，由专业医生决定治疗方式。
(1)彩色多普勒超声检查：观察孕囊情况。
(2)激素水平化验：如孕酮等，了解胚胎发育状态。
三、胚胎停育：部分胚胎停育会出现褐色分泌物。应到正规医院做彩色多普勒超声检查，若不能确诊，需在5-7天后复查彩色多普勒超声和血HCG来判断。若确定为胚胎停育，应在正规医院由专业医生指导进行药物流产或手术终止妊娠。
(1)彩色多普勒超声复查：进一步确认胚胎情况。
(2)血HCG复查：协助判断胚胎状态。
四、宫颈疾病：孕妇若有宫颈糜烂或宫颈息肉，会导致出血而流出类似褐色分泌物。应到正规医院进行宫颈相关检查。
总之，怀孕六周出现褐色分泌物需重视，应及时就医，通过相关检查明确原因，并在医生指导下采取合适的处理措施。