做干细胞移植的费用通常在几十万元不等，具体费用会因多种因素而有较大差异。
治疗疾病类型影响费用
血液系统疾病方面：如果是治疗白血病等血液系统疾病进行干细胞移植，费用一般相对较高。比如治疗急性白血病，自体干细胞移植费用大概在30万 - 50万元左右，而异基因干细胞移植费用可能会更高，通常在50万 - 100万元甚至更高，这是因为异基因移植需要配型等一系列复杂流程以及后续抗排异等治疗费用较高。免疫系统疾病方面：对于一些免疫系统疾病，像重症再生障碍性贫血进行干细胞移植，费用也有所不同。自体干细胞移植费用可能在20万 - 40万元，而异基因移植同样受诸多因素影响，费用范围也较大，可能在40万 - 80万元左右，主要是因为不同病情严重程度以及治疗过程中的个体差异导致费用不同。
移植方式影响费用
自体干细胞移植：自体干细胞移植是利用患者自身的干细胞进行移植，相对来说费用相对异基因移植会低一些。一般自体干细胞移植的费用在20万 - 50万元左右，这是因为不需要涉及供体配型等额外的复杂环节，主要费用集中在采集、处理干细胞以及移植后的短期监测等方面。异基因干细胞移植：异基因干细胞移植需要寻找合适的供体，如HLA配型相合的同胞供体、非血缘供体等。其费用除了包含干细胞采集、处理等基本费用外，还包括供体配型费用、移植后抗排异治疗费用等。由于供体配型难度以及抗排异治疗的复杂性，异基因干细胞移植费用通常较高，一般在50万 - 100万元甚至更高，而且如果出现严重的排异反应等并发症，费用还会进一步增加。
地区医疗水平及医院差异影响费用
不同地区：在经济发达地区的大型三甲医院，由于医疗设备先进、医疗技术水平高，干细胞移植的费用相对会高一些。比如在一线城市的大型医院，干细胞移植费用可能比一些二线城市的医院要高10万 - 20万元左右。而在一些医疗资源相对不那么集中的地区，医院开展干细胞移植的费用可能会相对低一些，但医疗服务等方面可能会有一定差异。不同医院：即使在同一地区，不同医院的干细胞移植费用也会有差异。一些综合实力更强、在干细胞移植领域经验更丰富的医院，其收费标准可能会相对高一些，因为这些医院在人员技术、设备投入等方面有更高的成本投入；而一些相对规模较小或者开展干细胞移植时间较短的医院，费用可能会相对低，但需要考虑其医疗技术水平是否能保障移植的效果等。