吞咽口水时耳朵深处疼得厉害可能由以下因素导致：
一、咽部炎症。咽部神经与耳朵神经存在交叉，即舌咽神经。当患者出现扁桃体炎、咽喉炎等情况时，就会引发疼痛，而这疼痛会经舌咽神经传至耳朵神经，进而导致耳朵深处疼痛。对于这类患者，可以根据医嘱服用阿莫西林、氧氟沙星等药物进行抗感染治疗。
1.扁桃体炎：是腭扁桃体的一种非特异性急性炎症，常伴有不同程度的咽黏膜和淋巴组织炎症。
2.咽喉炎：是由细菌、病毒感染或环境等因素刺激引起的咽喉部炎症。
二、耳部炎症。当患者有化脓性中耳炎、急性卡他性中耳炎等问题时，吞咽口水也会使其出现耳朵深处疼痛的现象。此类患者需要遵循医嘱使用盐酸左氧氟沙星滴耳液、洛美沙星滴耳液等进行相关治疗。
1.化脓性中耳炎：是中耳黏膜的化脓性炎症，可分为急性和慢性两种。
2.急性卡他性中耳炎：是咽鼓管功能障碍引起的中耳非化脓性炎症。
三、咽鼓管功能障碍。如果患者出现咽鼓管不通、堵塞等状况，就会致使咽鼓管功能出现异常，当患者进行吞咽口水动作时，便会引起耳朵疼痛。这类患者需要及时前往医院进行咽鼓管复通手术。
1.咽鼓管不通：可由多种原因导致，如炎症、肿瘤等。
2.堵塞：可能是异物、分泌物等造成。
总之，当出现吞咽口水时耳朵深处疼痛厉害的情况时，应及时就医，明确具体原因，并根据病因采取相应的治疗措施。