龟头炎的治疗药物选择需根据病因来定，一般细菌感染引起的龟头炎，可使用莫匹罗星软膏等抗生素类药物，通常规范用药1~2周左右可能会有较好改善。
细菌感染性龟头炎用药
局部外用抗生素：如果是细菌感染导致的龟头炎，常用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长繁殖，帮助减轻炎症。还有红霉素软膏，也可起到抗菌消炎的作用，涂抹在患处能缓解红肿、疼痛等症状。口服抗生素：病情较严重时，可能需要口服抗生素，比如头孢类抗生素。像头孢克肟，能通过抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌作用，从而治疗细菌感染引发的龟头炎，但使用前需确认无过敏史。
真菌感染性龟头炎用药
抗真菌外用药：若是真菌感染引起的龟头炎，常用克霉唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜合成，起到抗真菌效果。还有酮康唑乳膏，也可用于治疗真菌感染导致的龟头炎，涂抹后帮助消除炎症。口服抗真菌药：病情顽固时可能需要口服抗真菌药物，如氟康唑。氟康唑能抑制真菌细胞色素P450依赖酶，影响真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用，但肝功能异常者需谨慎使用。
滴虫感染性龟头炎用药
硝基咪唑类药物：对于滴虫感染引起的龟头炎，常用甲硝唑。它能干扰滴虫的氧化还原反应，阻止其能量代谢，从而杀灭滴虫。一般局部外用甲硝唑凝胶，也可口服甲硝唑片进行治疗。但孕妇及哺乳期女性使用需咨询医生，避免影响胎儿或婴儿。
过敏导致龟头炎用药
抗组胺药物：如果是过敏因素引起的龟头炎，可使用抗组胺药物，如氯雷他定。氯雷他定能竞争性阻断组胺H1受体，缓解过敏引起的瘙痒、红肿等症状，但服用后可能会有嗜睡等不良反应，用药期间不宜驾驶车辆等。糖皮质激素外用药：症状严重时，可短期使用糖皮质激素外用药，如氢化可的松乳膏。它能减轻过敏炎症反应，但不能长期大量使用，以免引起不良反应。