宝宝耳朵进水流黄水后是否会自愈，需要根据具体情况来判断。以下是一些可能的情况：
1.外耳道炎：如果宝宝的外耳道受到细菌或真菌感染，可能会导致外耳道炎。此时，耳朵可能会流黄水，并伴有疼痛、瘙痒等症状。在这种情况下，通常需要使用药物治疗，如抗生素滴耳液或抗真菌药物，以消除感染。如果不治疗，外耳道炎可能会持续并加重，导致更严重的问题。
2.中耳炎：中耳炎是中耳黏膜的炎症，通常由感冒、过敏或呼吸道感染引起。宝宝的耳朵可能会流黄水，并伴有发热、听力下降等症状。在这种情况下，需要使用抗生素治疗，以消除感染。如果中耳炎得不到及时治疗，可能会导致鼓膜穿孔、听力损失等并发症。
3.其他原因：宝宝的耳朵进水流黄水也可能是由于其他原因引起的，如外耳道湿疹、鼓膜穿孔等。在这些情况下，需要根据具体情况进行治疗。
需要注意的是，如果宝宝的耳朵进水流黄水，建议及时就医，由医生进行详细的检查和诊断，并根据具体情况制定治疗方案。在等待就医期间，应避免让宝宝用手搔抓耳朵，以免加重感染。同时，应保持宝宝的耳朵清洁干燥，避免水进入耳朵。