小孩打流感疫苗后发烧39度，可采取以下措施：
1.观察小孩的情况：首先，需要观察小孩的精神状态、呼吸、心跳等生命体征是否稳定。同时，注意观察小孩的其他症状，如咳嗽、流鼻涕、喉咙痛等。
2.物理降温：可以使用温水擦拭小孩的额头、颈部、腋窝、肘窝、腹股沟等部位，帮助小孩散热。也可以给小孩多喝水，促进体内代谢产物的排出。
3.药物治疗：如果小孩的体温持续升高，或者出现了其他不适症状，可以使用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。需要注意的是，退烧药的使用剂量应根据小孩的体重和年龄进行调整，同时要按照说明书的要求使用。
4.及时就医：如果小孩的体温持续升高，或者出现了其他严重症状，如抽搐、昏迷、呼吸困难等，应及时就医。在就医过程中，应告知医生小孩的疫苗接种情况，以便医生进行准确的诊断和治疗。
需要注意的是，每个小孩的体质不同，对疫苗的反应也可能不同。如果小孩在接种流感疫苗后出现发烧等不适症状，家长应密切观察小孩的情况，并采取相应的措施。如果症状持续加重或出现其他异常情况，应及时就医。同时，家长应注意保持小孩的个人卫生，勤洗手，避免带小孩去人员密集的场所，以预防感染。