宫颈纳氏囊肿大多是宫颈的生理性变化，一般不需要特殊治疗。据统计，约70%的女性在妇科检查时可发现有宫颈纳氏囊肿。
无需特殊处理的情况
宫颈纳氏囊肿通常是宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成囊肿。这类囊肿一般小而分散，突出于宫颈表面，若没有明显症状，通常不需要进行特殊治疗，定期做好妇科检查即可，比如每年进行一次妇科体检，包括宫颈TCT（薄层液基细胞学检测）和HPV（人乳头瘤病毒）检测，观察囊肿变化情况。
合并炎症时的处理
如果宫颈纳氏囊肿合并有宫颈炎症，出现白带增多、发黄、有异味等症状时，需要进行相应治疗。如果是细菌感染引起的炎症，可以根据情况使用一些抗炎药物，比如存在细菌感染时，可使用甲硝唑等药物来控制炎症，但具体用药需在医生指导下进行。同时要注意个人卫生，保持外阴清洁，每天用清水清洗外阴，勤换内裤，避免性生活过度频繁等。
较大囊肿的处理方式
少数情况下宫颈纳氏囊肿较大，突出于宫颈表面比较明显，可能会引起不适症状，此时可以考虑物理治疗。比如采用激光治疗，利用激光的能量破坏囊肿的囊壁，使囊液流出，从而达到治疗目的；还可以采用微波治疗等方法。不过物理治疗后要注意保持外阴清洁，避免感染，治疗后一段时间内避免性生活和盆浴，按照医生要求定期复查创面恢复情况。