灰指甲可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法治疗。一般来说，外用抗真菌药物治疗轻度灰指甲有一定效果，比如阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，连续使用几个月可能看到改善。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它是一种局部外用的抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂涂抹在病甲上，每周使用1 - 2次，一般需要连续使用几个月才能看到明显效果。不过，对于比较严重的灰指甲，单独使用搽剂效果可能有限。环吡酮胺乳膏： 也属于外用抗真菌药，能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢。使用时均匀涂抹在病甲及周围皮肤，一天使用1 - 2次。但使用过程中要注意，避免接触到眼睛和其他黏膜部位。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种口服的广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，干扰真菌麦角固醇的合成。服用时一般采用冲击疗法，比如每月服药一周，连续服用几个月，但在服药前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬： 同样是口服抗真菌药，能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角鲨烯的合成。一般每天服用一次，疗程相对伊曲康唑可能短一些，但也需要监测肝功能，孕妇和哺乳期女性要避免使用。
手术治疗
拔甲术： 对于单一的比较严重的灰指甲，可以考虑拔甲。不过拔甲后要注意预防感染，而且新长出来的指甲也有可能再次感染真菌。拔甲后需要一段时间让新甲生长，在这个过程中要保持局部清洁干燥。激光治疗： 利用特定波长的激光来破坏真菌。激光治疗相对来说痛苦较小，但是可能需要多次治疗才能达到较好的效果，而且费用相对较高。不过它不需要像口服药物那样担心对肝脏的影响。