怀孕初期有褐色分泌物是否会胎停需依具体情况判断，若积极治疗，通常不会胎停。具体如下：
一、怀孕过程：怀孕是男性精子与女性卵子结合成受精卵并在子宫着床，女性怀孕后会停经，正常应无褐色分泌物。若仅出现褐色分泌物而无其他不适，通常无需过度担忧，注意个人卫生即可，一般不会出现胎停情况。
1.无其他不适：这种情况可能只是暂时的轻微现象，不一定会对胚胎产生不良影响，保持观察和良好生活习惯即可。
二、若伴有其他不适：如阴道疼痛、腹痛等，可能是阴道炎、宫颈炎、先兆流产等原因导致。若出现这些情况后未得到治疗，可能影响胚胎正常发育，甚至导致胎停。
1.阴道炎：炎症刺激可能导致分泌物异常等表现。
2.宫颈炎：也可能引起相关症状。
3.先兆流产：这是比较危险的情况，需要及时重视和处理。
因为怀孕初期胚胎尚未完全稳定，此期间要养成良好作息和饮食习惯，不可过度劳累或剧烈运动，也不要进行性生活，以防发生先兆流产或流产。
总之，怀孕初期出现褐色分泌物要密切关注，根据具体情况判断其影响，及时采取相应措施，以保障胚胎的健康发育和孕妇的安全。