直肠溃疡的治疗首先需明确病因并针对病因施治，像因直肠肿瘤、感染、外伤等引发的直肠溃疡，应积极医治原发病。若直肠溃疡频繁发作形成溃疡性直肠炎，则可采取内科与外科治疗。
一、内科治疗包含以下方面。
1.卧床休息及全身支持治疗：要维持液体和电解质平衡，特别是要补充钾，出现低血钾时及时纠正，同时注重蛋白质补充以改善全身营养状况，必要时给予胃肠道外营养支持，贫血者应输血，胃肠摄入不足者应给予高营养食物，但应尽量避免乳制品。
2.药物治疗：
(1)柳氮磺胺吡啶，如美沙拉嗪等，是溃疡性直肠炎的主要用药。
(2)皮质类固醇，常用的有强的松、地塞米松等，一般不主张使用激素治疗，仅在严重的直肠溃疡或巨大溃疡时才用于应急治疗。
(3)免疫抑制剂，在溃疡性直肠炎治疗中有一定价值，但尚未完全确定。
(4)中医药治疗，西药治疗无效时可采用中医中药，效果较为理想。
二、外科治疗主要是手术治疗，约20%至30%的重症溃疡性直肠炎患者最终需手术治疗。
1.手术适应证：
(1)大量且难以控制的出血。
(2)中毒性巨结肠伴有临近或明确的穿孔，或中毒性巨结肠经数小时而非数天治疗无效。
(3)暴发性急性溃疡性直肠炎对类固醇激素治疗无效。
(4)因狭窄（如手术后狭窄）导致梗阻。
(5)怀疑或证实有肠道肿瘤。
(6)难治性溃疡性直肠炎反复恶化且有恶变倾向。
(7)伴有严重的肠道外病变，如坏疽性脓皮病、关节炎或肝胆疾病等，可通过手术切除肠道溃疡来减轻肠外病变。
2.手术方法：
(1)结直肠全切除、回肠造口术。
(2)结肠全切除、回直肠吻合术。
(3)控制性回肠造口术。
(4)结直肠全切除、回肠袋肛管吻合术。
总之，对于直肠溃疡及溃疡性直肠炎的治疗，要根据具体情况选择合适的方法，内科治疗和外科治疗各有其适用情况，以达到最佳的治疗效果。