灰指甲医学上称为甲真菌病，治疗方法多样，常见的外用药物有阿莫罗芬搽剂等，口服药物有伊曲康唑等，一般需要持续数月。甲真菌病多由皮肤癣菌、酵母菌及非皮肤癣菌的霉菌等真菌引起。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 每周使用1 - 2次，直接涂抹在病甲上，它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要注意先清洁病甲，保持病甲部位干燥。不过，对于严重的灰指甲，单独使用外用药物效果可能相对较慢。环吡酮胺乳膏： 可涂抹在病甲周围的皮肤及病甲上，它能改变真菌细胞膜的完整性，使真菌细胞内容物漏出，起到杀菌作用。但使用过程中要避免接触眼睛和其他黏膜部位。
口服药物治疗
伊曲康唑： 采用冲击疗法，即每月服用1周，连续服用3 - 4个月。它是通过抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成，达到抗真菌效果。不过，肝功能异常者需慎用，因为它需要经过肝脏代谢。特比萘芬： 一般每天服用250mg，连续服用3个月左右。它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的形成。但同样，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。
手术治疗
拔甲术： 过去曾常用，但现在已较少采用。适用于单发的灰指甲，在局部麻醉下将病甲拔除。不过，拔甲后要注意预防感染，而且新长出的指甲可能还会再次被真菌感染。术后需要精心护理伤口，保持局部清洁干燥，一般需要1 - 3个月新甲才能完全长出。
甲真菌病的诱发因素
环境因素： 在高温、高湿度的环境中容易滋生真菌，比如长期处于潮湿的浴室、游泳池等场所的人，患灰指甲的风险相对较高。像在一些热带地区，甲真菌病的发病率可能会比寒冷干燥地区高一些。自身因素： 患有手足癣等皮肤癣菌感染性疾病的人，很容易引发灰指甲，因为手足癣的真菌可以蔓延到指甲部位。另外，免疫力低下的人，如糖尿病患者、艾滋病患者等，由于身体抵抗力较弱，更容易被真菌侵袭而患上灰指甲。还有，指甲受到外伤，比如经常美甲导致指甲损伤，或者长期从事手工劳动使指甲受伤，都可能增加感染真菌的机会，从而引发灰指甲。