双肾多发囊肿主要包含两个方面，一是多囊肾，二是多发性肾囊肿。对于双肾多发囊肿的治疗方案要依据囊肿的性质、大小、数量等因素来确定。
一、多囊肾：
1.这是一种遗传性疾病，目前没有确切的治愈方法。首先要进行逐一排查，比如开展家系调查，明确亲属中是否有患多囊肾的人；还要进行体格检查和影像学检查，以对囊肿性质做初步判断，必要时还需给患者做基因检测来进一步了解囊肿情况。
2.针对多囊肾患者，主要是进行对症治疗以防止肾功能进一步恶化。如果患者有高血压，可以使用依那普利、雷米普利、缬沙坦、替米沙坦、坎地沙坦等药物进行干预；有感染的患者可用左氧氟沙星等药物进行抗感染治疗；若囊肿较大，还可给予手术干预。
3.倘若患者已发展为肾功能不全或尿毒症，则需要进行血液透析治疗。
二、多发性肾囊肿：
1.主要是进行临床观察，明确囊肿的大小、位置和个数。
2.如果直径小于5厘米且个数少于3个，可定期检查囊肿变化，暂无需治疗。
3.如果单侧肾囊肿超过3个且大小超过5厘米并向内生长，这时囊肿就需要处理，处理方法主要是手术干预，如囊肿去顶减压术及囊肿切除术。经过治疗后，巨大囊肿消退，可减少多发肾囊肿对肾实质的压迫，从而改善肾功能。
对于双肾多发囊肿的患者，还要注意避免使用含有咖啡因的药物和食物，包括浓茶、咖啡、奶茶等，因为咖啡因在一定程度上能促进囊液分泌，进而促使囊肿生长。
总之，双肾多发囊肿要根据具体情况选择合适的治疗方法，同时患者在日常生活中也需注意相关事项。