小肚子胀痛可能由多种原因引起，比如女性生理期时，约60% - 90%的女性会有不同程度的小肚子胀痛，一般经期结束后会缓解。
妇科原因导致的小肚子胀痛
月经相关：女性在月经期间，子宫内膜前列腺素含量增高，可能引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态，从而出现小肚子胀痛，有时还会伴有腰酸等不适。另外，痛经分为原发性和继发性，继发性痛经可能由子宫内膜异位症、子宫腺肌病等引起，也会导致小肚子长期或周期性胀痛。妊娠相关：怀孕早期，若出现小肚子胀痛，可能是受精卵着床等生理现象，但也可能是宫外孕，宫外孕时除了小肚子胀痛，还可能伴有不规则阴道流血，一般在停经6 - 8周左右出现症状。还有先兆流产也会引起小肚子胀痛，同时可能有阴道少量出血。
消化系统原因导致的小肚子胀痛
肠道功能紊乱：长期精神紧张、焦虑等可能导致肠道功能紊乱，出现小肚子胀痛，还常伴有腹泻或便秘的情况，这种情况可能会持续数周或数月。比如一些上班族因工作压力大，就容易出现肠道功能紊乱引发小肚子胀痛。肠道炎症：如结肠炎，包括溃疡性结肠炎和细菌性结肠炎等。溃疡性结肠炎患者除了小肚子胀痛，还会有黏液脓血便，病程较长，可能反复发作。细菌性结肠炎多是由于食用了被细菌污染的食物引起，一般在进食后数小时至1 - 2天内出现小肚子胀痛、腹泻等症状。便秘：当大便长时间堆积在肠道内，会导致小肚子胀痛，同时可能伴有排便困难，一般3 - 5天甚至更长时间不排便就会出现这种情况。比如一些老年人活动少，容易发生便秘进而导致小肚子胀痛。
泌尿系统原因导致的小肚子胀痛
膀胱炎：膀胱炎患者会出现小肚子胀痛，同时有尿频、尿急、尿痛的症状，急性膀胱炎起病较急，一般在1 - 3天内出现明显症状，常见于女性，与女性尿道短、容易被细菌感染有关。尿路结石：当尿路有结石时，会引起小肚子胀痛，疼痛可能比较剧烈，呈绞痛样，同时可能伴有血尿，结石在泌尿系统移动时会损伤尿路黏膜导致出血。比如输尿管结石，疼痛可放射至下腹部及会阴部。