怀孕后胎儿停止发育的原因有多种。据统计，胚胎染色体异常是导致胎儿停止发育的常见原因之一，约占50% - 60%。
染色体因素：
胚胎自身染色体异常： 受精卵形成过程中，染色体发生数目或结构的异常，使得胚胎无法正常发育，从而导致停止发育。这种情况是自然选择的一种方式，因为异常的胚胎难以存活。父母染色体异常遗传： 若父母一方或双方存在染色体平衡易位等异常情况，有可能遗传给胚胎，进而影响胚胎发育，增加胎儿停止发育的风险。
母体因素：
内分泌失调： 比如黄体功能不全，怀孕后黄体分泌的孕酮不足，无法维持子宫内膜的正常状态来支持胚胎生长，就可能导致胎儿停止发育。一般来说，孕酮水平低于一定数值时风险增加。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰胚胎发育的内分泌环境。全身性疾病： 孕妇患有严重的糖尿病、高血压等疾病，会影响胎盘的血液供应和营养物质传输，使得胎儿得不到充足的养分和氧气，从而引发胎儿停止发育。例如，高血压患者血压控制不佳时，对胎儿的影响更为明显。
子宫因素：
子宫解剖结构异常： 像子宫畸形，如双角子宫、纵隔子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间。子宫肌瘤如果位置特殊，如黏膜下肌瘤，会阻碍胚胎着床或影响胎盘血供，增加胎儿停止发育的几率。宫腔粘连： 宫腔粘连会使宫腔容积减小，限制胚胎的生长，导致胎儿停止发育。宫腔粘连多与宫腔操作史等有关。
免疫因素：
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体等自身抗体，会攻击胎盘的血管，造成胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血液灌注，使得胎儿缺血缺氧，最终导致胎儿停止发育。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应过强，也会阻碍胚胎的正常发育，引发胎儿停止发育。