新生儿生理性黄疸通常在出生后2-3天出现。其主要原因包括以下几方面：
胆红素生成过多
红细胞数量多且寿命短： 新生儿时期红细胞数量比成人多，而且红细胞寿命相对较短，大约70-90天，而成人红细胞寿命约120天。这样红细胞破坏就会产生较多的胆红素。据统计，新生儿每日生成的胆红素量约为成人的2倍多。旁路胆红素来源多： 除了红细胞破坏产生胆红素外，新生儿体内旁路胆红素（来自肝脏和其他组织中的血红素及骨髓中无效造血的血红蛋白）生成也较多，进一步使得胆红素产生增加。
肝脏处理胆红素能力不足
肝细胞摄取胆红素能力差： 新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，出生后5-10天才达到成人水平，这就导致肝细胞摄取胆红素的能力较弱，使得胆红素在体内积聚。肝细胞结合胆红素功能不完善： 新生儿肝脏内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）含量低且活性不足，要到出生后1周左右才逐渐成熟，所以肝细胞将未结合胆红素转化为结合胆红素的能力有限，从而影响胆红素的代谢。
肠肝循环特点
肠道菌群尚未完全建立： 新生儿出生时肠道内菌群很少，出生后需要逐渐建立正常菌群。由于肠道菌群尚未完全建立，导致结合胆红素不能充分被还原成尿胆原、粪胆原排出体外。肠道内β-葡萄糖醛酸苷酶活性高： 新生儿肠道内β-葡萄糖醛酸苷酶活性相对较高，这种酶会将肠道内结合胆红素水解成未结合胆红素，又被肠道重新吸收进入肝肠循环，使得血中未结合胆红素增加，加重生理性黄疸。