药流后孕囊排出但仍有残留时，是否需要进行清宫手术，需要根据残留组织的大小、位置以及患者的具体情况来决定。一般来说，以下情况需要考虑清宫：
1.残留组织较大：如果药流后超声检查发现残留组织较大，超过2厘米，或者血流丰富，提示有活性组织残留，通常需要进行清宫手术，以清除残留组织，避免感染和出血等并发症。
2.持续出血：药流后持续出血，或出血量较多，且经保守治疗（如使用宫缩剂、止血药等）无效时，也需要考虑清宫，以止血并清除残留组织。
3.存在感染：如果药流后出现发热、腹痛等感染症状，或者超声检查发现盆腔有积液等异常，提示存在感染，需要先进行抗感染治疗，然后再根据情况决定是否需要清宫。
4.其他情况：患者年龄较大、有剖宫产史、子宫畸形等，或者对药物流产的耐受性较差，也可能需要清宫。
需要注意的是，清宫手术是一种有创操作，可能会引起出血、感染等并发症。因此，在决定是否进行清宫手术前，医生会对患者进行详细的评估，包括超声检查、血液检查等，以了解残留组织的情况和患者的身体状况。如果残留组织较小，患者也可以在医生的指导下使用药物促进残留组织排出，如益母草颗粒、新生化颗粒等，并定期复查超声，观察残留组织的变化情况。
总之，药流后孕囊排出但仍有残留时，是否需要进行清宫手术需要根据具体情况综合判断。患者应遵循医生的建议，积极配合治疗，并注意休息和个人卫生，促进身体的恢复。