乳管内乳头状瘤的病因目前尚不完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先，内分泌紊乱可能是一个因素，有研究发现，体内雌激素水平异常升高可能会对乳腺导管上皮产生刺激，增加乳管内乳头状瘤的发生风险。
内分泌因素相关
激素水平失衡： 女性体内雌激素和孕激素的平衡对乳腺组织的正常生理功能至关重要。当雌激素相对过多，或者孕激素水平相对不足时，就可能干扰乳腺导管上皮的正常代谢。例如，在一些育龄期女性中，由于月经周期变化等原因导致激素波动较大，就可能增加患乳管内乳头状瘤的几率。内分泌疾病影响： 患有一些内分泌疾病也可能间接导致乳管内乳头状瘤。比如患有甲状腺功能减退症的女性，甲状腺激素分泌减少，会影响下丘脑 - 垂体 - 性腺轴的功能，进而影响雌激素和孕激素的调节，使得乳腺导管上皮容易出现异常增生，增加乳管内乳头状瘤的发生可能性。
导管结构异常相关
先天导管发育问题： 部分人可能存在乳腺导管先天发育异常的情况。如果乳腺导管在胚胎发育时期出现某种缺陷，导致导管结构异常，就为乳管内乳头状瘤的发生提供了潜在的结构基础。比如导管的分支、走行等出现异常，使得局部导管上皮容易发生增生形成乳头状瘤。后天导管损伤后修复： 乳腺导管在后天如果受到一些损伤，如外伤、炎症等，在修复过程中可能出现异常。例如，乳腺导管曾经有过炎症感染，在修复时上皮细胞过度增生，就可能形成乳管内乳头状瘤。比如有过哺乳期乳腺炎病史的女性，相对来说患乳管内乳头状瘤的风险可能会比没有相关病史的女性高一些。
其他可能因素相关
遗传易感性： 有一定的遗传倾向，如果家族中有亲属患有乳管内乳头状瘤，那么个体患该病的风险可能会相对增加。虽然具体的遗传机制还不是完全清楚，但遗传因素在疾病的发生中起到了一定的作用。例如，某些基因突变可能会使个体对乳管内乳头状瘤的易感性增高。长期不良生活方式： 长期的不良生活方式也可能会对乳管内乳头状瘤的发生产生影响。比如长期精神压力过大，会影响内分泌系统的正常功能；长期高脂肪饮食，也可能会干扰体内激素的平衡等，这些都可能在一定程度上增加患乳管内乳头状瘤的风险。