三个月宝宝流口水主要是因为唾液腺开始发育，但吞咽功能还不完善。一般3-4个月的宝宝唾液分泌量逐渐增多，而吞咽能力尚不协调，就容易出现流口水的情况。
生理发育因素
唾液腺发育： 宝宝在3-4个月时，唾液腺逐渐发育成熟，唾液分泌量增加。比如，这个阶段的宝宝唾液分泌量比新生儿时期明显增多，当唾液分泌到一定程度，宝宝就会开始流口水。吞咽功能不完善： 三个月宝宝的吞咽反射还没有完全发育成熟，不能及时将分泌的唾液吞咽下去，所以就会出现流口水的现象。而且此时宝宝口腔较浅，也不利于储存唾液，更容易流口水。
出牙期影响
出牙刺激： 部分三个月宝宝可能即将进入出牙期，牙齿萌出会刺激牙龈上的神经，进而反射性地引起唾液分泌增多。一般宝宝在4-6个月左右开始出牙，但也有个别宝宝出牙早，三个月时就可能受到出牙刺激导致流口水。牙龈不适： 出牙时宝宝牙龈会有痒痒、胀痛等不适感觉，宝宝可能会通过流口水来缓解这种不适，同时不断地啃咬东西，也是为了减轻牙龈的不适感。
疾病相关因素
口腔炎症： 如果宝宝口腔有炎症，如口腔溃疡、口腔炎等，也会刺激唾液分泌增多，导致流口水。不过三个月宝宝患口腔炎症相对较少，但如果有奶渍残留等情况未及时清洁，也可能引发轻微炎症导致流口水。呼吸道感染： 当宝宝患有呼吸道感染时，如感冒等，也可能出现流口水增多的情况。这是因为呼吸道感染可能会影响宝宝的神经调节功能，导致唾液分泌和吞咽功能的平衡被打破，从而使口水流出增多。但这种情况一般还会伴有咳嗽、流涕、发热等其他呼吸道感染症状。