小孩口腔溃疡的原因有多种，比如大约10% - 25%的小孩口腔溃疡可能是由病毒感染引起，像单纯疱疹病毒感染就比较常见。
局部创伤因素
口腔内咬伤： 小孩在玩耍或者进食过程中，可能会不小心咬伤口腔黏膜，从而引发口腔溃疡。比如吃饭时说话、打闹等情况，就容易导致牙齿咬伤颊黏膜、舌体等部位，形成创伤性口腔溃疡。器具划伤： 小孩使用的餐具如果比较尖锐，或者吃太硬的食物，都可能划伤口腔黏膜，进而引发口腔溃疡。例如用比较粗糙的勺子喂饭，可能会刮伤口腔内壁。
缺乏营养素
维生素缺乏： 当小孩体内缺乏维生素B2、维生素B12等维生素时，容易出现口腔溃疡。比如长期挑食、偏食的小孩，很容易造成维生素摄入不足。像有的小孩不爱吃蔬菜和水果，就可能缺乏维生素B2，从而引发口腔溃疡。微量元素缺乏： 锌等微量元素的缺乏也可能导致小孩口腔溃疡。锌参与人体多种代谢过程，缺乏锌时会影响口腔黏膜的修复，增加口腔溃疡的发生几率。
免疫系统因素
自身免疫反应： 小孩自身免疫系统如果出现紊乱，可能会引发口腔溃疡。例如在某些情况下，免疫系统错误地攻击口腔黏膜细胞，导致黏膜受损，出现溃疡。免疫力低下： 当小孩身体免疫力低下时，容易受到病原体侵袭，也更容易发生口腔溃疡。比如体质较弱的小孩，在换季或者劳累后，就可能因为免疫力下降而出现口腔溃疡。