C13呼气试验与C14呼气试验都是用于检测幽门螺杆菌的方法，但有区别。C14呼气试验使用的放射性核素是C14，有一定辐射性，而C13呼气试验使用的是C13，辐射剂量极低，更适合儿童、孕妇等特殊人群，一般C14呼气试验价格相对便宜，大概在60~100元左右，C13呼气试验价格稍高，约100~200元。
检测原理方面
C14呼气试验：利用幽门螺杆菌能产生尿素酶的特点，让受检者口服含有C14标记的尿素胶囊，若胃内有幽门螺杆菌，尿素酶会将尿素分解，产生的二氧化碳带有C14标记，通过检测呼出气体中C14标记的二氧化碳来判断是否感染幽门螺杆菌。C13呼气试验：原理类似，也是基于幽门螺杆菌产生尿素酶分解尿素，但使用的是C13标记的尿素，通过检测呼出气体中C13标记的二氧化碳来检测幽门螺杆菌感染情况。
适用人群差异
C14呼气试验：一般适用于成年患者，但孕妇、儿童等特殊人群不建议首选，因为C14有一定辐射性，可能对胎儿或儿童生长发育有潜在影响。C13呼气试验：由于C13辐射剂量极低，更适合孕妇、儿童、老年人等特殊人群检测幽门螺杆菌，比如孕妇担心辐射影响胎儿，就可以选择C13呼气试验；儿童也能较安全地进行检测。
检测准确性
C14呼气试验：检测准确性较高，临床应用较广泛，一般能达到90%以上的准确率，但受一些因素影响，比如近期服用过抗生素、质子泵抑制剂等药物，可能会影响检测结果的准确性。C13呼气试验：检测准确性也较高，同样受近期用药等因素影响，不过相对来说，因为其辐射低，在一些特殊人群检测时更具优势，而且准确性也能满足临床诊断需求。
操作流程区别
C14呼气试验：受检者需要口服C14标记的尿素胶囊，等待约15~30分钟，然后对着集气袋呼气，检测设备收集气体进行分析。C13呼气试验：操作流程类似，也是口服C13标记的尿素胶囊，等待一定时间后呼气检测，但在具体操作细节上，比如设备的精度等可能会有不同，不过整体流程都比较简便，患者容易接受。