性功能障碍的药物治疗需根据具体类型选择，比如治疗勃起功能障碍常用的药物有西地那非等，一般按需服用。西地那非能在性刺激下帮助改善勃起功能，但不建议随意自行用药。
口服PDE5抑制剂类药物
西地那非： 属于5型磷酸二酯酶抑制剂，可通过增加阴茎海绵体平滑肌松弛，促进血液流入，从而帮助改善勃起功能，一般在性活动前约1小时按需服用，但需注意，服用硝酸酯类药物的患者禁止使用。他达拉非： 同样是PDE5抑制剂，作用时间相对较长，有的剂型可以每日规律服用，也有按需服用的剂型，按需服用时一般在性活动前半小时左右服用即可，不过严重肝肾功能不全者等需谨慎使用。
雄激素补充类药物
十一酸睾酮胶丸： 适用于雄激素缺乏引起的性功能障碍等情况。但如果存在前列腺癌或怀疑前列腺癌的患者禁用，同时，用药过程中需要定期监测前列腺特异性抗原等指标。
其他相关药物
阿扑吗啡： 是一种多巴胺受体激动剂，可通过中枢作用促进阴茎勃起，皮下注射给药，不过可能会有恶心、呕吐等不良反应，低血压患者等需慎用。另外，对于一些因心理因素导致性功能障碍的情况，有时可能会辅助使用一些抗焦虑等药物，但这需要在医生综合评估后，根据具体心理状态来决定是否使用及使用何种药物，且药物使用需严格遵循医嘱，不能自行随意应用。同时，在考虑药物治疗性功能障碍时，一定要在正规医院由专业医生进行诊断后，根据个体的具体病情、身体状况等综合因素来选择合适的药物，避免自行盲目用药带来不良后果。