额窦炎的药物治疗需根据病情来选择，一般可以使用抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等药物。通常来说，抗生素是治疗额窦炎的重要药物之一，比如阿莫西林克拉维酸钾等，一般需要连续使用一定疗程来控制感染。
抗生素类药物
青霉素类抗生素： 像阿莫西林，它对多种细菌有抗菌作用，可用于治疗敏感菌引起的额窦炎。但要注意部分人可能对青霉素过敏，使用前需做皮试。头孢类抗生素： 例如头孢呋辛酯，属于第二代头孢菌素，对常见的引起额窦炎的病原菌有较好的抗菌活性。不过头孢类药物也有过敏风险，使用前需询问过敏史。
鼻用糖皮质激素
布地奈德鼻喷雾剂： 能减轻鼻黏膜的炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。一般成人及6岁以上儿童可以使用，使用时要按照正确的方法喷鼻。糠酸莫米松鼻喷雾剂： 同样可用于减轻额窦炎相关的鼻黏膜炎症，适用于成人和青少年，使用时需注意正确操作，避免药物进入口腔等。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 可以促进鼻窦黏膜纤毛运动，帮助排出鼻窦内的黏液，从而改善额窦的引流。一般建议用温水送服，且在饭前半小时用凉开水送服整粒胶囊。标准桃金娘油肠溶胶囊： 也能起到稀释黏液、促进黏液排出的作用，有助于额窦炎的恢复，服用时同样要注意正确的服用方法。
对症治疗药物
解热镇痛药： 如果额窦炎患者伴有发热、头痛等症状，可以使用对乙酰氨基酚来缓解。对乙酰氨基酚适用于大多数人群，但严重肝肾功能不全者禁用。减充血剂： 如麻黄碱滴鼻液，能减轻鼻黏膜充血肿胀，缓解鼻塞，但这类药物不宜长期使用，一般使用不超过7天，以免引起药物性鼻炎。