男性生殖器疱疹的治疗主要包含一般治疗、系统用药以及外用药物。
一、一般治疗：患者要注重休息，避免饮酒、劳累以及过度进行性生活。当出现临床症状，像疼痛或者生殖器有簇集且散在的小水疱时，就应避免性生活。
二、系统用药：
1.初发者可依据医嘱使用阿昔洛韦等抗病毒药物。
2.对于复发型可采用间歇疗法，也就是在前驱症状出现前就开始进行治疗。
三、外用药物：
1.可选用以抗病毒、收敛、干燥以及防止继发感染为主的药物，如依照医嘱使用3%阿昔洛韦软膏或炉甘石洗剂。
2.当继发感染时，可依据医嘱应用夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏。
3.如果有合并龈口炎，要保持口腔清洁，外用口腔含漱液。
总之，男性生殖器疱疹患者应及时就医，以上所有用药都需在医生指导下进行，并且通过积极治疗并改善生活方式，是有可能使疱疹不再复发的。