胎儿停止发育的原因有多种，据统计，约50%-60%的早期胚胎停止发育是由于染色体异常导致的。
染色体因素：
父母染色体问题： 如果父母双方任何一方的染色体存在异常，就有可能遗传给胎儿，从而引发胎儿停止发育。比如平衡易位等染色体结构异常的情况，会增加胎儿染色体异常的风险。胎儿自身染色体畸变： 在胚胎发育过程中，由于各种因素影响，胎儿自身染色体可能发生突变，出现数目或结构的异常，这是早期胎儿停止发育最常见的原因之一。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全，会导致孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，从而增加胎儿停止发育的几率。甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都可能影响胚胎的正常发育。全身性疾病： 孕妇患有某些严重的全身性疾病，如严重的糖尿病未得到良好控制、高血压、心脏病心功能不全等，会影响胎盘的血液供应和营养物质输送，进而影响胎儿发育，导致停止发育。
子宫因素：
子宫解剖异常： 子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，会使子宫腔形态异常，影响胚胎着床和生长空间。子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会占据宫腔空间，影响胎盘附着和胎儿发育。子宫内膜病变： 子宫内膜炎会改变子宫内膜的容受性，影响胚胎着床；子宫内膜薄，厚度不足，也不利于胚胎着床和发育，容易导致胎儿停止发育。
免疫因素：
自身免疫异常： 孕妇自身存在抗磷脂综合征等自身免疫性疾病，体内产生的自身抗体可能攻击胎盘组织，导致胎盘血管血栓形成，影响胎儿的血液供应，引发胎儿停止发育。同种免疫异常： 孕妇和胎儿之间的免疫不适应，母体免疫系统对胎儿产生排斥反应，也可能导致胎儿停止发育。