窦性心律不齐是较常见的心律失常，其引起的原因有多种。一般来说，健康人群也可能出现窦性心律不齐，尤其是青少年更常见，约有10%的青少年会出现这种情况。
生理因素导致
呼吸因素影响： 呼吸是引起窦性心律不齐较常见的生理原因。在吸气时，迷走神经张力降低，心率会增快；呼气时，迷走神经张力增高，心率会减慢，从而出现窦性心律不齐，这种情况多见于青少年群体，一般没有明显不适症状，也不需要特殊治疗。自主神经功能失调： 当人体的自主神经功能发生失调时，也可能引发窦性心律不齐。比如情绪激动、过度疲劳、睡眠不足等情况，都可能影响自主神经的平衡，导致窦性心律不齐出现。像长期熬夜的人，由于睡眠不足，自主神经功能容易紊乱，就更容易出现窦性心律不齐的情况。
病理因素相关
心脏疾病影响： 某些心脏疾病也会引起窦性心律不齐，比如冠心病，当冠状动脉发生粥样硬化，导致心肌缺血缺氧时，可能影响心脏的正常电活动，从而出现窦性心律不齐；心肌病患者，心肌结构和功能发生改变，也可能引发窦性心律不齐。另外，心肌炎患者在病情活动期，心肌受到炎症损伤，也可能出现窦性心律不齐的表现。全身性疾病因素： 一些全身性疾病也可能导致窦性心律不齐，例如甲状腺功能亢进，患者体内甲状腺激素水平升高，会影响心脏的代谢和电生理活动，从而出现窦性心律不齐；严重的电解质紊乱，如低钾血症或高钾血症等，也会干扰心脏的电传导，引发窦性心律不齐。
药物因素导致
某些药物作用： 有些药物使用后可能会引起窦性心律不齐。比如使用拟交感神经药物，像肾上腺素等，可能会导致心率加快，出现窦性心律不齐；而使用某些抗心律失常药物时，如果药物使用不当，也可能诱发窦性心律不齐，如过量使用洋地黄类药物等。